Amenhotep II là con trai của vua Thutmose III và với một người vợ bé: Merytre-Hatshepsut. Tuy nhiên, ông không phải là con trai cả của vị pharaon này; người anh trai Amenemhat, con trai của chính cung hoàng hậu Satiah, mới là người ban đầu được dự định là người thừa kế ngai vàng, Amenemhat đã được gọi là "con trai trưởng của đức vua" và là người trông nom đàn gia súc của Amun vào năm thứ 24 dưới vương triều của Thutmose.[1] Tuy nhiên, từ giữa năm 24 và 35 của Thutmose III, cả nữ hoàng Satiah và hoàng tử Amenemhat đều đã qua đời, điều đó đã thúc đẩy vị pharaon này kết hôn với Merytre-Hatshepsut vốn không mang dòng máu hoàng gia.[2] Bà đã sinh cho Thutmose III một số người con trong đó có vị vua tương lai Amenhotep II. Amenhotep II đã được sinh ra và lớn lên tại thành Memphis ở phía bắc, thay vì ở Thebes, vốn là kinh đô truyền thống.[3] Khi là một hoàng tử, ông đã giám sát công việc giao gỗ cho xưởng đóng tàu của Peru-nūfe ở Memphis, và được phong chức Setem, đại tư tế tối cao của toàn bộ Hạ Ai Cập.[3]

Amenhotep lên ngôi vào ngày đầu tiên tháng thứ tư của Akhet, nhưng cha ông lại qua đời vào ngày thứ ba mươi tháng thứ ba của Peret.[4] Nếu một hoàng thái tử Ai Cập đã tuyên bố trở thành vua nhưng không lên ngôi sau ngày vua cha qua đời, điều đó có nghĩa rằng ông đã từng đồng trị vì dưới vương triều của vua cha. Một giai đoạn đồng trị vì của Thutmose III và Amenhotep II được cho là đã kéo dài trong hai năm và bốn tháng.[5]

Đầu nhân sư của vua Amenhotep II, Musée du Louvre.

Khi mới lên ngôi, Amenhotep II đã 18 tuổi theo một dòng chữ từ tấm bia nhân sư tuyệt vời của ông:

"Ngay lúc này đây hoàng thượng xuất hiện như là một vị vua trẻ tài giỏi sau khi ngài đã trở nên "cẩn trọng", và đã hoàn tất mười tám năm với sức mạnh và bản lĩnh của mình."[6]

Sau khi trở thành pharaon, Amenhotep kết hôn với một người phụ nữ có xuất thân không chắc chắn tên là Tiaa.[7] Ông được cho là có mười người con trai và một con gái. Người con trai đáng chú ý nhất của Amenhotep là Thutmose IV, vị vua kế vị ông; Những người con khác của ông là các hoàng tử Amenhotep, Webensenu, Amenemopet, và Nedjem đều được chứng thực rõ ràng, và còn Amenemhat, Khaemwaset, Aakheperure cũng như một người con gái, Iaret.

Cuộn giấy Papyrus B.M. 10.056, có niên đại vào khoảng sau năm thứ mười của Amenhotep II, đề cập đến người con trai và setem của nhà vua - tư tế Amenhotep.[8] Amenhotep này cũng có thể được chứng thực trên một tấm bia đến từ đền thờ Amenhotep II tại Giza.[9] Tuy nhiên tên của tấm bia đã bị tẩy xóa thế nên không thể xác định được danh tính.[10] Tấm bia B này có thể thuộc về một người con khác, Webensenu.[10] Tên của Webensenu còn được chứng thực trên một bức tượng của viên kiến trúc sư trưởng, Minmose, và chiếc bình chứa nội tạng cùng một bức tượng an táng của ông ta đã được tìm thấy trong lăng mộ của Amenhotep II.[11] Một tấm bia Giza, bia C, đã ghi lại tên của một hoàng tử Amenemopet.[10] Bức tượng mà có tên của Webensenu trên đó cũng ghi tên của hoàng tử Nedjem.[11]

Không có ghi chép nào khác về các con trai của nhà vua vào thời kỳ này có thể hoặc không thể là con trai của Amenhotep II. Hai bức tranh tường từ Sahel đề cập đến con trai của nhà vua và chủ nhân của trại ngựa có tên Khaemwaset, nhưng tên của vị vua cha lại không được biết đến.[11] Một nhân vật với tên Amenemhet đã được ghi lại đằng sau một hoàng tử Amenhotep trong ngôi bộ Theban 64, giả sử nếu Amenhotep này thực sự là con trai của nhà vua trong BM 10.056, Amenemhat cũng sẽ là con trai của Amenhotep II..[12] Ngoài ra, một hoàng tử Aakheperure khác được nhắc tới trong một tranh tường Konosso cùng một hoàng tử Amenhotep, và nếu một lần nữa giả định rằng Amenhotep này cũng là người được nói đêns trong BM 10.056, Aakheperure cũng sẽ là con trai của Amenhotep II. Tuy nhiên, trong cả hai trường hợp, nhân vật Amenhotep được nhắc đến này nhiều khả năng có thể là vua Amenhotep III, và khiến cho hai hoàng tử kia sẽ là con trai của Thutmose IV.[9] Ngoài những người con trai, Amenhotep II có thể đã có một người con gái tên là Iaret, nhưng bà có thể cũng là con gái của Thutmose IV.[10]

Hai người con trai đã được cho là con của Amenhotep II trong quá khứ, tuy nhiên họ đã được chứng minh là có xuất thân khác. Một Usersatet, "con vua của Kush," (tức là phó vương của Nubia) là con trai của Amenhotep II, cũng như một người khác tên là Re, tuy nhiên cả hai hiện được biết là không có liên quan gì đến hoàng gia.[13]